Madoka Kaname, une fillette normale, se réveille en sursaut après avoir fait un rêve dans lequel une fille se battait contre une créature gigantesque qui ravageait la ville. Le lendemain, elle rencontre l'inconnue de son rêve : Homura Akemi, une nouvelle élève de sa classe. Alors que Madoka fait du shopping avec son amie Sayaka Miki, elle entend une voix qui l'appelle à l'aide. Elle suit la voix jusqu'à un entrepot abandonné et découvre Homura attaquant une petite créature du nom de Kyubey. La fillette arrive à sauver le petit animal mais en fuyant Homura, elle et Sayak se font aspirer dans une barrière magique. Ne comprenant rien à ce qui leur arrive, les filles sont sur le point de se faire tuer par des créatures, quand elles sont sauvées par Mami Tomoe sui se présente a elles comme étant une « Puella Magi » (mahô shôjo), une chasseuse de sorcières.
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