Clémentine et Pinocchio débarquent dans le Venise du xv eme siècle juste à temps pour voir Léonard de Vinci et son compagnon se faire attaquer par les hommes du Comte Cafardo. Le compagnon de Léonard est tué. Cafardo désire les plans de Léonard, mais celui-ci tente de les jeter dans le canal, ce qu'il rate. Pinocchio les récupère et s'enfuit avec, les hommes de Cafardo sur ses traces. Léonard emmène Clémentine chez lui et lui montre certaines de ses inventions. Il lui explique également que les plans sont ceux d'une arme qui devrait permettre à Venise de repousser les Turcs. S'il ne les amènent pas devant le Conseil des Dix le lendemain à midi, lui et le Doge seront déchus, ce qui pourrait profiter à Cafardo.
Clémentine retrouve Pinocchio, mais ils sont capturés par Cafardo. Après conseil auprès de Malmoth, Cafardo décide de torturer ses prisonniers en menaçant de les immerger dans une fosse remplie de murènes. Clémentine réussit à se libérer et à semer le chaos, permettant au duo de s'enfuir. Ils sont recueillis par un homme masqué. Pinocchio retrouve les plans, mais l'homme masqué propose de les lui racheter. Pinocchio accepte et, ainsi, rate le test de l'homme masqué. Alors que midi sonne, Clémentine arrive à temps pour rendre les plans à Léonard devant le Conseil des Dix. Cafardo est arrêté pour meurtre et trahison. L'homme masqué révèle sa véritable identité : c'est le vieux marchand. Héméra vient rechercher Clémentine, Pinocchio et le vieux marchand.
Finalement, Clémentine se retrouve dans le magasin et repart avec Petit Boy.
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